Xác ướp Thutmose II đã được phát hiện tại Deir el-Bahri vào năm 1881. Xác ướp đã được Gaston Maspero mở ra vào ngày 1 tháng 7 năm 1886. Xác ướp của Thutmosis II có nhiều nét tương đồng với xác ướp được cho là của Thutmosis I, cha ông. Xác ướp của Thutmose II đã bị hư hại dưới bàn tay của những kẻ cướp mộ cổ xưa, với cánh tay trái bị gãy ở khớp vai, cẳng tay tách ra ở khớp khuỷu tay và cánh tay phải bị chặt ra dưới khuỷu tay. Thành bụng trước và phần lớn ngực của anh ta đã bị đập nát bằng rìu của những tên trộm mộ muốn kiếm những lá bùa quý quấn sau những lớp vải bọc xác ướp. Ngoài ra, chân phải của ông đã bị chặt đứt khỏi cơ thể.